En todos los proyectos o acciones que implementa Prodena está presente el enfoque de conservación de la biodiversidad, como una estrategia que busca a través de diversas acciones proteger la naturaleza y sus recursos. Su prioridad es favorecer el aprovechamiento sostenible de la biodiversidad, como un bien de valores incalculables para la supervivencia de las generaciones presentes y futuras. 

Prodena participó en la creación de áreas protegidas, trabaja en la restauración de ecosistemas degradados, en la promoción de prácticas sostenibles como los sistemas agroforestales sintrópicos, trabajó en proyectos de periodismo y comunicación para la conservación de la biodiversidad del Corredor Madidi, Pilón Lajas, Cotapata y Apolobamba.

En la conservación de especies como el Guácharo (Steatornis caripensis) en el parque nacional Carrasco, dio apoyo científico a la conservación del caimán en la Reserva de la Biosfera – Estación Biológica del Beni, en la evaluación de especies locales migratorias en la laguna Alalay, trabajó en campañas contra de la exportación de animales silvestres, la conservación de la madera Mara, entre otras especies.

En una etapa en la que la diversidad biológica está seriamente amenazada, este enfoque reconoce el valor intrínseco de la biodiversidad y su papel fundamental en el funcionamiento de los ecosistemas y su relación de dependencia con el bienestar humano.